La Comisión Nacional del Agua cuenta con los siguientes fideicomiso y mandatos:

• Fideicomiso 1928
• Mandato del Túnel Emisor Oriente (Dado de baja mediante dictamen BAJA/SAI/DGEAPCTA/016/2022 de fecha 21 de abril).
• Mandato para la Enajenación de las Aeronaves (MANAER) (Dado de baja mediante dictamen BAJA/SAI/DGEAPCTA/014/2022 de fecha 31 de marzo).